木構造分科会では、会員構成を若手会員中心に据え、構造設計者だけでなく意匠設計者や施工者（JSCA会員で関西支部所属）も参加しています。自らの手がけた設計施工事例の成果を相互に報告・発表し、様々な木造建物の設計や改修などの日常活動の報告や問題点についての研究調査・議論を通して、木造設計者の学習・研究機会を増やすことを主眼に置いています。
また、性能規定型設計法である限界耐力計算を基軸に木造のもつ本質に迫り、安易な補強に頼ることなく、木材・木造がもっている長所を生かして、本来の木造の美しさ、しなやかな力強さを構造設計の観点から再評価するために、知識・技術の向上を図ってもらうことを目指しています。
ストック型社会への転換のなか、分科会の活動で得た知識・技術と、京都市、大阪府や奈良県等にも採用されている「JSCA関西木造耐震マニュアル」により、既存木造建物の保全にも貢献しています。